Pour échapper au déclin économique, la ville se lance dans de nouvelles activités. A l’occasion des guerres de religion, elle accède par ailleurs à un nouveau statut, en devenant l’un des principaux centres protestants de France et d’Europe.
Le règne de Louis XII génère des troubles dans le sud de la France et hors de France mais en 1514, lorsqu’il épouse la fille d’Henri VIII, les relations pacifiées avec l’Angleterre favorisent le commerce. Jusque là, si La Rochelle a préservé ses libertés par sa charte municipale et ses franchises, cet ensemble est cependant menacé sous le règne de François I.
Déjà en 1521, les bourgeois et échevins refusent de payer le huitième. Le roi impose alors un contrôle comptable et retire deux syndics et aux bourgeois le droit de se réunir. Dans le cadre de la centralisation du gouvernement, Chabot, nommé gouverneur de La Rochelle, supprime le corps de ville et la mairie élective et réduit le nombre d’échevins. Profitant que l’oligarchie locale est opposée aux autres bourgeois de la ville, le roi nomme en 1535 le maire perpétuel de la ville, fonction qui échoue à Chabot. Les exécutions publiques auxquelles ce dernier recourt pour briser les émeutes n’arrangent rien. De plus, en 1541, pour financer ses guerres pour la succession de l’empire germanique contre Charles Quint et ses érections de fastueux châteaux, François I étend par un édit la gabelle à l’Aunis et La Rochelle alors qu’ils en étaient exemptés.
La ville s’insurge de la suppression de ses privilèges et chasse Chabot. Le roi, de Cognac où il séjourne, expédie des troupes avant de se présenter lui-même fin 1542 et de pardonner à la ville et les îles qu’il maintient dans leurs privilèges, les notables étant venu à résipiscence. Il impose une amende et créé un tribunal royal en 1552 : le présidial mais exempte la ville de garnison. Lorsque des insurrections contre la gabelle enflamment de nouveau l’Ouest du royaume en 1548, La Rochelle ne participe pas à la rébellion.
Intéressé par la conquête maritime, François I confie à Roberval la tâche du peuplement des terres découvertes par Jacques Cartier. C’est de La Rochelle, devenu port colonial, que 200 colons embarquent pour la nouvelle France, même si un an plus tard les survivants de l’opposition aux indiens sont de retour.
Dans l’empire germanique, les dérives, abus et principes du christianisme sont mis en cause et le protestantisme devient un nouveau culte, rapidement transmis jusqu’à l’Atlantique, surtout sur le littoral et le long des fleuves, naturelles voies de communication de tout ordre. A partir des années 1530, les prédications commencent dans la ville et quelques conversions au calvinisme apparaissent.
Alors que la cité considère comme partenaires économiques ses correspondants de toute confession, après une tolérance initiale, François I s’oppose aux destructions d’images saintes et impose aux protestants la conversion ou la mort, dès 1528 et plus encore après l’affaire des placards.
Les répressions sont encore plus fortes sous le règne d’ Henri II, sans parvenir à endiguer la nouvelle foi. Le conflit se politise, entre l’Angleterre précocement protestante d’Elisabeth I et l’Espagne fervente catholique de Philippe II. La fiscalité est accrue mais la prospérité rochelaise perdure et l’ancienne mairie et les privilèges retrouvés concentrent les doléances sur le commerce et le libre échange d’autant qu’en 1560, elle gagne l’exemption de gouverneur. Si l’exercice du culte est encore clandestin, le premier pasteur rochelais formé à Genève est établi en 1558 et, progressivement, la ville tisse des liens avec Genève même si elle n’est pas déléguée au premier synode de 1559.
La jeunesse du roi François II favorise les querelles des partis de Guise catholique soutenu des Montmorency et de Condé en faveur du protestantisme, que Catherine de Médicis ne peut contenir et qui aboutissent dans toute la France, y compris l’Aunis, à une radicalisation.
La première guerre de 1562-63 est ouverte par les exactions du duc de Guise. Les protestants saccagent les symboles catholiques des villes prises avant d’être vaincus mais à La Rochelle, les édifices du culte sont partagés pacifiquement bien que le nombre de protestants dépasse vite celui des catholiques du fait de l’afflux de réfugiés. La promulgation par Catherine de Médicis de la tolérance civile de l’édit d’Amboise précède un tour de France qu’elle effectue avec le connétable et son fils Charles, accueilli sans enthousiasme dans la ville rapidement sanctionnée : les officiers municipaux sont écartés, le roi désigne le maire et impose en 1566 une garnison et en 1567 un nouveau tribunal de commerce royal.
La seconde guerre de 1567-68, déclenchée par la tentative d’enlèvement du roi et sa mère par le prince de Condé, mène à la destruction de nombreuses églises à La Rochelle qui se rallie aux protestants. En 1568, Pontard, maire protestant nommé par le gouverneur, s’oppose ainsi à la garnison royale et mène le soulèvement. La population catholique fuit mais treize prêtres, emprisonnés puis jetés de la tour de la Lanterne, lui donnent son surnom de tour des Prêtres. Le gouverneur du Poitou, de l’Aunis et de la Saintonge nommé par Condé s’installe à La Rochelle qui l’accueille, chasse Chabot de Jarnac, lève un impôt exceptionnel, impose des corvées, fait raser faubourgs et églises pour fortifier les murailles et forme des infanterie et cavalerie locales. La ville se proclame indépendante et huguenote, est ralliée par l’île de Ré et les troubles se répandent dans la région. Inquiet de ce revirement d’une des plus grandes et riches villes, Charles IX charge Monluc de reprendre le port. De Brouage, l’attaque se porte sur l’île de Ré où les protestants sont mis à mort. Puis l’armée royale doit se joindre à celle du gouverneur du Poitou à Saint Jean d’Angély. La Rochelle est épargnée par la signature de la paix de Longjumeau, à l’occasion de laquelle la fonction de maire redevient élective mais le gouverneur Chabot de Jarnac reprend ses fonctions.
La trêve précède de peu la troisième guerre de 1568-1570 qui commence par les tentatives des catholiques de capturer le prince de Condé et l’amiral de Coligny. Les deux chefs se réfugient à la Rochelle et y retrouvent la reine de Navarre, convertie en 1560 et qui séjourne fréquemment dans la ville où les contacts avec les anglais sont aisés. Le Sud Ouest, dont le Poitou, devient le théâtre des combats. Des villes, prises par les protestants, sont reprises par les avancées royales. De nombreux réfugiés arrivent dans la place forte. Saint Jean d’Angély est assiégé et La Rochelle est bloquée par mer. La reddition de Saint Jean d’Angély et la victoire de Coligny à Arnay-le-Duc alors qu’il bat la retraite mènent en 1570 à l’édit de Saint Germain en Laye par lequel quatre places dites de sûreté sont garanties aux protestants : La Charité sur Loire, Cognac, Montauban et… La Rochelle, qui devient la capitale politique et militaire de la Réforme et où se réunit en 1571 le synode national des églises réformées présidé par Théodore de Bèze.
L’union de la princesse Marguerite et Henri de Bourbon , héritier de Jeanne d’Albret aurait dû sceller une pacification mais le massacre de la Saint Barthélémy, qui vise à l’élimination des chefs protestants, lance la quatrième guerre de 1572-1573 et le fanatisme. La Rochelle accueille nombre de protestants pourchassés et, forte de son maire protestant Salbert et de l’organisation de sa défense par La Noue, refuse de recevoir le gouverneur Gontaut-Biron et sa garnison puis la négociation et l’accès aux troupes royales menée par le duc d’Anjou, frère du roi, accompagné d'Henri de Navarre et du duc de Condé récemment convertis au catholicisme. La perte des eaux potables de Lafond et de moulins à blé, le manque de soutien maritime par Elisabeth I qui atermoie, fait que La Noue quitte la ville suite à une négociation considérée comme une trahison. De février à juin 1573, les bourgeois et leurs soldats sans chef noble résistent, soutenus par l’avitaillement anglais. Même si une flotte anglaise est repoussée par les bombardements catholiques et si les remparts souffrent notamment à l’Ouest, les tentatives pour bloquer la rade et les assauts par terre achoppent. Face à ces échecs et nommé roi de Pologne, le duc d’Anjou brise le siège et signe la paix de La Rochelle. La paix de Boulogne, qui restaure les clauses du traité d’Amboise, est signée. Désormais la liberté de culte est instaurée à Montauban, Nîmes et La Rochelle, et la liberté de conscience est acquise sur le reste du territoire. La Noue devient en 1574 général de la cité victorieuse mais financièrement affaiblie.
La cinquième guerre (1574–1576) est ouverte par le complot raté des malcontents du pouvoir royal et de la régence favorisant les radicaux catholiques, et mené par François d’Alençon contre le duc d’Anjou. Les soulèvements provinciaux protestants s’y ajoutent, auxquels La Rochelle participe par la volonté de La Noue. Les combats croissent après la mort de Charles IX par la coalition issue des fuites de François d’Alençon puis du roi de Navarre assigné à la cour et l’alliance du prince de Condé et du fils cadet de l’électeur Palatin. Les protestants gagnent du terrain, le perdent, le reconquièrent jusqu’à l’encerclement de Paris et Henri III signe l’édit de Beaulieu qui octroie une représentation protestante au parlement, indemnise les victimes de la Saint Barthélémy… et accorde à La Rochelle l’autonomie par l’exemption de gouverneur : le seul lien féodal maintenu est le serment que le maire prête au roi ou son représentant.
La cité conserve son statut au cours de la sixième guerre de 1577, menée par les ligues catholiques qui tentent de reprendre quelques villes aux protestants. Les rochelais désirent la paix, la préservation de leur commerce et exigent le respect de leurs franchises quand La Noue les convainc de s’engager. Les combats sont distants et ne départagent pas les partis mais l’édit de Poitiers qui en est issu restreint les libertés de culte précédemment accordées. La Noue quitte l’année suivante la fonction de général de La Rochelle.
Pour la paix, Catherine de Médicis a fait un tour de France et accordé pour six mois quinze places de sûreté aux protestants. Ils refusent de les quitter au terme de ce délai, initiant la septième guerre de 1579-1580. La crise est vite résolue : le roi de Navarre prend Cahors et la paix de Fleix bientôt signée maintient ces quinze places pour une durée de six ans.
Après la mort de François d’Alençon, l’unique héritier d’Henri III est le roi de Navarre protestant et la ligue catholique craint une conversion du pays. La huitième guerre de 1585-1598 commence quand le roi signe le traité de Nemours qui interdit le culte protestant et déchoit de ses droits le roi de Navarre avec l’appui du pape. La Rochelle s’engage l’année suivante en fournissant au parti protestant assisté des anglais et allemands un quartier général où flotte et finances passent. Navarre s’y installe, ainsi que sa cour. Il devient le grand chef protestant au décès de son allié le prince de Condé. A Paris, le duc de Guise qui remporte des succès au nom de la ligue, prend le pas sur Henri III qui tente d’en éliminer les chefs puis s’allie aux protestants avant d’être assassiné. Le roi de Navarre devient alors Henri IV et, pour reconquérir la France et Paris tenus par la ligue, se convertit finalement au catholicisme. Il chasse alors la ligue et ses alliés espagnols jusqu’à la paix de Vervins qui laisse ces derniers hors des frontières. Enfin, par l’édit de Nantes tolérant, dont le brouillon est le cahier de doléance rédigé à La Rochelle par une assemblée de protestants, il met fin à la guerre civile par la liberté de culte et l’amnistie. La Rochelle est devenue une ville régionale dès 1589 et l’accession au trône d’Henri IV.
La cité est l’une des plus importantes du royaume, avec déjà quelque 25 000 habitants, et toujours prospère. Elle maintient son commerce avec l’Angleterre, l’Europe du Nord ou encore l’Espagne. Elle s’adapte et substitue par exemple au vin d’Aunis en défaveur les eaux de vie charentaises. Elle développe de nouvelles routes maritimes et s’intéresse aux territoires lointains découverts par les grands explorateurs et dont le roi François I prend possession.
La flotte rochelaise, avec son petit chantier naval, n’est pas importante mais elle développe toujours plus ses liaisons sur de nouvelles destinations : Terre neuve et la nouvelle France propices à la pêche aux morues, maquereaux ou harengs et la chasse à la baleine très prisée et l’Afrique, les Amériques et les Antilles pour les échanges de verroterie, étoffes, outils ou miroirs contre les fourrures ou bois précieux. En 1550, comme Nantes ou Bayonne, la cité devient port colonial, autorisée à recevoir les épiceries et drogueries.
La marine rochelaise recrute des guides étrangers dont des corsaires et trafiquants et se livre aussi à la contrebande de sucre, vin ou faux épices en liaison avec la Guinée, Madère, les Canaries, les Açores, et jusqu’au Maroc. En fin de siècle, en 1594, le premier commerce triangulaire y est déjà pratiqué.
Dominée par sa population de marchands et de juristes où se recrutent de nombreux maires, elle accueille aussi un foisonnement de métiers artisanaux très structurés en corporations : cordiers, tonneliers, orfèvres, teinturiers, corroyeurs, raffineurs de sucre ou encore bouilleurs de cru, où chaque famille est élargie aux apprentis et serviteurs.
La population qui ne participe pas aux taxes royales et peu aux taxes locales a des pratiques financières en avance sur leur temps comme prêt et vente à crédit. Les perturbations internes, qui opposent en début de siècle les bourgeois anoblis aux autres bourgeois, n’étouffent pas un enrichissement général.
L’imprimerie se développe, permet la fortune de plusieurs familles et sert notamment à la diffusion de sermons protestants.
Comme toute la France, la cité est perturbée par les nombreuses guerres qui déchirent le pays. Pourtant, sa prospérité n’est jamais longtemps mise en cause. Certes les soldats, domestiques, réfugiés et troupes de mercenaires affluent au fil des rebondissements des huit conflits qui se succèdent, les impôts et destructions de guerres comme les spéculations sont subis et l’accueil dû et réservé aux princes et chefs de guerre qui y séjournent plus ou moins longtemps obèrent ses finances. Mais entre les revenus des courses de mer, le trafic d’arme ou les équipements de navire, sans compter le soutien financier des protestants, les compensations ne manquent pas et les pillards qui sont fréquents en période de troubles demeurent dans les campagnes.
Plus grave, les épidémies de peste qui accablent l’Europe occasionnent de nombreux décès à La Rochelle, notamment en 1585 mais la ville est indépendante, ses libertés politiques et militaires sont sauves et ses progrès économique et culturel sont marqués.
Compte tenu du caractère cultuel de la succession de guerres et des brassages de population, les édifices religieux sont les premiers à connaître des bouleversements au cours du siècle. Les tensions accrues et le rôle majeur que la cité est amenée à jouer motivent la consolidation intermittente des fortifications alors que la ville, où les maisons à pans de bois sont toujours construites sur des arches, s’agrandit de la ville neuve, progressivement bâtie sur l’ancien Pré Maubec et que le style renaissance commence d’être utilisé dans les architectures.
Vers 1562 Télécharger au format 5500x3000 pixels
La période calme de la ville voit l'introduction du premier temple protestant en 1561 alors que l’installation d’une première imprimerie favorise l’essor culturel, notamment la diffusion des idées nouvelles de la réforme puis plus tard, par exemple la musique.
Les grands changements interviennent à partir du soulèvement protestant de 1568. Les églises, couvents, monastères et centres de charité sont saisis par les pouvoirs municipaux et confisqués.
Les églises Notre Dame, Saint Barthélémy, Saint Nicolas et Saint-Sauveur sont détruites et les pierres utilisées au renfort des murailles et du Gabut. Leur hauteur favorisant le guet, les tours ou clocher de Notre Dame, Saint Barthélémy et Saint Sauveur sont épargnés. Celui de Notre Dame s’effondre cependant en 1573. L’église Sainte Marguerite, préservée, est pour sa part transformée en oratoire. Les ordres qui demeurent s’unissent aux oratoriens et s’y rassemblent. Un marché aux pains, des halles et une nouvelle boucherie occupent l’ancien temple des templiers, un collège est ouvert dans le couvent des Cordeliers.
Les établissements de soins se développent : l’hôpital Saint Julien est ouvert dans le bâtiment des Carmes en 1556 et le couvent Sainte Marguerite fait fonction d’hôpital pendant les guerres. A Saint Maurice un établissement municipal est dédié aux maladies contagieuses, en particulier la peste qui dévaste l’Europe. Une maladrerie est toujours à Saint Eloi, un hôtel Dieu est placé près de Saint Nicolas et des aumôneries et hôpitaux à Saint Jean Dehors et Sainte Marie de Betléhem.
Les murs protecteurs connaissent quelques aménagements. En 1505, la porte du petit Comté est reconstruite et devient la porte Neuve. La porte de Cougnes est défendue d’un bastion en 1542. Le bastion de l’évangile est bâti au Nord-Ouest et un ouvrage avancé devant la porte Saint Nicolas, complété en 1558 d’un pont-levis. Les murs intérieurs qui séparent la ville du port déjà sécurisé, parsemés de portes étroites qui incommodent le transfert des marchandises, sont par contre abattus en 1567. De nombreuses destructions sont également opérées. Afin de dégager les alentours, Saint Hermine fait abattre en 1568 les maisons hors les murs, les hameaux de Tasdon et Saint Eloi, la tour du Faye et le prieuré de Saint Jean Dehors.
La mairie est agrandie et en 1555, le maire Pontard fait bâtir un grand hôtel qui devient la maison dite Henri II ou Diane de Poitiers. Les exécutions publiques se déroulent sur la place du château, des fourches patibulaires dite de Gourville sont placées à Saint Eloi et un gibet de haute justice au lieu Moulin des justices.
La population a besoin d’eau claire et de nouvelles fontaines alimentées par les eaux douces de Lafond sont ajoutées : la fontaine Dauphine (ou des petits Bancs), la fontaine au chat qui dort et celle du Pilori et une première glacière.
A l’Ouest mais à proximité de la ville, le long de la côte, une corderie est installée, adjointe d’une prairie, la Corderie les cours, où s’organisent des fêtes.
En 1574 Télécharger au format 5500x3000 pixels
Les murailles extérieures sont passées en revue au regard des guerres en cours, alors que la périphérie est encore plus dégagée en 1572 en vue du siège, les Petit Fetilly, Treuil des Noyers, Treuil des filles, moulin de la Brande, Aytré et Tasdon sont brûlés alors que les faubourgs de Saint Jean dehors, Saint Eloi, le Colombier et la Genette sont rasés.
Des éperons protecteurs sont mis en place, des bastions devant les portes : du bastion des cordeliers, de la vieille fontaine, du Gabut (ou des vases) le bastion Saint Nicolas est élevé. En 1573, la tour sainte Catherine devient une plateforme à canons.
Le collège des cordeliers devient un lycée et les protestants s’accaparent de l’église sainte Marguerite où les oratoriens se retrouvaient et de l’ancienne chapelle des augustins où le tribunal de commerce trouve place en 1569. Une académie pour les pasteurs ouvre en 1571.
En 1598 Télécharger au format 5500x3000 pixels
Lors du siège de 1573, les fortifications offrent déjà peu de points faibles. Ces murs confèrent à la ville une réputation d’invulnérabilité. De la porte Saint Nicolas à la tour de la Lanterne, le front de mer est complètement dressé de hauts murs et l’entrée du port entre les tours toujours clos à volonté par la chaîne.
Les Rochelais obtiennent du roi Henri IV l’autorisation d’ériger une nouvelle enceinte, agrandie vers l’Est et plus fortifiée par six grands bastions : les Grands-Lapins, les Petits-Lapins, Cougnes, les Fonderies ou Fours-à-chaux, Maubec (ou Petit-Genève) et Saint-Nicolas devant lequel un ouvrage à corne est monté.
Depuis 1575, un règlement permet à la mairie d’accorder ou pas la construction de bâtisses à arcades, celles-ci dorénavant montées sur piles, dont les porches s’alignent en galeries couvertes dont certaines existent encore et constituent des trottoirs sous arcades et un abri pour les passants.
En 1590, La place d’Armes est installée à la place du château de Vauclair dont les deux dernières tours se sont effondrées, l’hôtel de ville est agrandi de nouveau et la porte à l’arrière de la mairie, où entrent les échevins, est ouverte.
Une boucherie est installée dans l’évescot en 1597, L’hôtel de la monnaie est déplacé et un nouveau pont, le pont Saint Louis (de la Tuilerie ou de la Quillerie), doté d’écluses, relie le quartier saint Nicolas au centre.
Après l’édit de Nantes en 1598, les catholiques de toutes les paroisses se réunissent de nouveau à l’oratoire et l’église Notre Dame de Laleu est restaurée.