La Rochelle continue de subir les revirements liés à la guerre de cent ans qui ne s’achève qu’en 1453 mais elle conserve son statut de plus important port français sur l’Atlantique.
Les oncles de Charles VI pris de démence, les ducs d’Orléans, de Bourgogne et du Berry, se disputent le pouvoir. Le premier assassiné par le second, les partis des Armagnacs et des Bourguignons se lancent dans une guerre civile. L’Angleterre tire profit de ces dissensions et lance ses attaques de reconquête.
Même si l’étranger rôde au large et en 1413, le maire de la cité est capturé par les anglais et emmené à Bordeaux, la population évite de prendre parti, d’autant qu’en 1410, Charles VI a remis la ville au dauphin, le futur Charles VII.
La cité n’est pas concernée par les évènements qui précèdent le couronnement de Charles VII : Henri V se fait reconnaître par Charles VI héritier du trône de France en 1420 par le traité de Troyes mais décède avant lui. Son fils Henri VI doit lui succéder mais les défenseurs de Charles VII le font triompher, au motif que son père avait signé le traité de Troyes alors qu’il n’avait pas tous ses esprits.
La cité reste simplement acquise à la cause française et participe jusqu’en 1453 aux frais de la reconquête de la Guyenne puisque Charles VII s’acharne à reprendre la main sur les terres continentales. Les grandes batailles et chevauchées épargnent la proche contrée.
Une paix signée ne signifiant pas la fin de tous les conflits : la province est à l’occasion sur la brèche, contre les anglais dont les navires sont devant la ville en 1457, puis le sénéchal du Poitou arme toute la région l’année suivante et, en 1462, la ville se défend encore contre une flotte anglaise sous le règne d'Edouard IV.
En 1462, Louis XI devient roi. Le pays connaît des troubles intérieurs dès 1465 menés par Charles de France et intriguant avec les Bretons et les Bourguignons. Ils aboutissent à une victoire finale du roi après la bataille de Monlhéry et la levée du siège de Paris. A l’occasion de leur réconciliation, Louis XI donne alors La Rochelle comme le duché de Guyenne à son frère Charles, en 1469. Toutefois, les relations entre les deux frères restent difficiles et en 1472, La Rochelle ferme ses portes et demande à revenir sous la tutelle royale. Le problème est résolu par la mort de Charles de France la même année et la cité revient dans les biens royaux en 1473. Par ailleurs, elle demande et obtient le rattachement au parlement de Paris.
Au début du règne de Charles VIII, treize ans, le règne des régents mène en 1485 à la révolte seigneuriale de la guerre folle qui dure jusqu’en 1488. L’armée royale s’attaque au Sud Ouest. La ville doit protéger ses intérêts alors que le port de Brouage (35 km au Sud) se développe.
En 1491, un conflit oppose encore la France et l’Angleterre d'Henri VII mais la paix est rapidement déclarée en 1493.
Au XV° siècle, la ville est la plus importante entre la Loire et la Gironde, le port le plus grand et actif de la côte Atlantique et son enceinte protectrice considérée comme quasi imprenable.
Certes, ses points faibles limitent son développement : la zone géographique de l’arrière pays est réduite, le manque de desserte fluviale se fait sentir et la politique internationale perturbe toujours le commerce. Surtout : il n’existe pas de grande flotte rochelaise et le commerce du vin est menacé par celui de la bière dont le brassage ne se fait pas en Aunis.
Néanmoins sa position reste dominante de part sa position, ses fortifications, les avantages qu’elle a su négocier depuis des siècles et les institutions qu’elle abrite.
Et puis si de grands voyages d’exploration partent de la ville comme en 1402 pour les Canaries, en 1497 Jean et Sébastien Cabot découvrent Terre-Neuve. Les pêcheurs rochelais s’intéressent aux eaux froides de l’Atlantique Nord riches en poissons que l’on ne trouve pas sur le littoral.
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Le port fortifié est complété, en front de mer, par la plus haute tour, bâtie sur une précédente construction. La tour de la Lanterne, culmine à cinquante cinq mètres et se compose de plusieurs salles superposées dans une base cylindrique surmontée d’une flèche octogonale à fenêtres. Commencée en 1445, elle est achevée en 1476, et constitue l’un des plus anciens phares de France.
En à pic des flots, les trois tours et murailles imposent. Vue du havre, la vision n’est pas moindre. La petite rue du port, percée en 1407, est ouverte dans la muraille. A l’intérieur des murs, des maisons et échoppes adossées y ont pratiqué des ouvertures mais elles sont toutes murées en 1467 par crainte d’invasion. La porte du Pérot est surmontée en 1478 d’un clocher octogonal et d’un campanile et devient la tour de la Grosse horloge ou du reloge.
Un premier chantier de construction navale et une fosse aux mâts sont naturellement sis au bord de l’eau, sur la petite rive.
En 1419, l’église Saint Sauveur est détruite par un incendie. Elle est rebâtie sur un nouvel axe jusqu’en 1467 où elle constitue une merveille. L’église de Laleu est également reconstruite. Un clocher est ajouté à l’église Saint Barthélémy et un couvent des Cordeliers est créé à Lafond en 1461.
L’échevinage est probablement atteint par un incendie. De 1486 à 1492, l’enceinte fortifiée du nouvel hôtel de ville, avec chemin de ronde, tour à créneaux et mâchicoulis, est érigée par décision du maire Le Comte.
La population de marins habite les quartiers du Pérot et Saint Nicolas. Au centre de la ville, les marchands et corporations sont répartis dans des échoppes, souvent à pans de bois, sous arcades de hourdis montés sur poutres.
Vers la fin de siècle l’aménagement, l’hygiène et l’accès à l’eau douce font l’objet de grands travaux : des maisons sont alignées, des rues pavées, les divers détritus gérés par les habitants, les douves nettoyées, une petite boucherie ajoutée à la précédente, les eaux pluviales évacuées et des lavoirs et fontaines aménagés.
L’eau douce a toujours été difficile à se procurer sur ce terrain cerné d’eau de mer ou saumâtre où les puits ne sont pas salvateurs. Le captage des eaux des sources est mis en œuvre pour une alimentation souterraine de fontaines. Les eaux de Périgny alimentent la fontaine Salaude et une autre près du canal Maubec. Puis les eaux de Lafond alimentent dès 1447 la Vieille Fontaine et les trois Puits doux. Ces travaux sont ironiquement financés par une taxe sur le vin.